En tant que maître d’ouvrage, le CMN décide des grandes orientations qu’il souhaite donner au projet de travaux et en assure le financement, parfois avec l’aide de mécènes ou de partenaires institutionnels.

Lorsque le CMN programme des travaux de restauration importants sur un monument, il s’adresse au maître d’œuvre, l’architecte en chef des monuments historiques territorialement compétent, pour lui commander une étude. Une fois l’étude réalisée et validée, le CMN commande à l’architecte en chef le projet nécessaire à la réalisation des travaux. Ce document, élaboré sur plusieurs mois, a pour objectif d’organiser la totalité du chantier à venir et permet au maître d’ouvrage de procéder à la consultation des entreprises, lot par lot.

Une fois les entreprises retenues, le CMN passe un marché avec chacune d’entre elles afin de permettre le démarrage du chantier.

Le maître d’œuvre, chef d’orchestre des travaux, s’assure de leur bon déroulement jusqu’à leur livraison.

Parfois, lorsque les travaux réalisés sont particulièrement importants, le chantier se déroule en plusieurs tranches.